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緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)の局地的アウトブレイクの調査におけるパルスフィールド・ゲル電気泳動法(PFGE)と全ゲノムシークエンシングによるタイピングの比較では、PFGE の精度が確認される

Comparison of pulsed-field gel electrophoresis and whole-genome-sequencing-based typing confirms the accuracy of pulsed-field gel electrophoresis for the investigation of local Pseudomonas aeruginosa outbreaks

D. Martak*, A. Meunier, M. Sauget, P. Cholley, M. Thouverez, X. Bertrand, B. Valot, D. Hocquet
*Centre Hospitalier Régional Universitaire, France

Journal of Hospital Infection (2020) 105, 643-647

目的
緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)をモデルとして、全ゲノムシークエンシング(WGS)による技術で明らかにされたクラスターに属する分離株が、パルスフィールド・ゲル電気泳動(PFGE)により正確に認識されるかどうかを確認すること。

方法
1998 年から 2012 年に欧州の 7 つの病院で分離された ST395 P. aeruginosa 分離株 65 株を選択した。分離株を PFGE によりタイピングし、WGS により配列を決定した。3,831 の遺伝子を用いたコアゲノム複数部位塩基配列タイピング(cgMLST)解析を、独自のパイプラインを用いて実施した。

結果
PFGE により 8 つの pulsotype が同定され、cgMLST により 9 つのクラスターおよび 9 つの singleton が識別された。cgMLST による 5 つのクラスターと pulsotype(65 株中 31 株)は完全に一致した。PFGE により分類された明白な疫学的関連がない分離株が、部位を識別する cgMLST により分離された(65 株中 16 株)。これより、局地的アウトブレイクの調査に PFGE を続行すべきであることが示唆される。さらに重要な点は、高頻度突然変異分離株は、その親株と pulsotype が同一であったが(65 株中 16 株)、cgMLST では認識されなかった。これは、緑膿菌の蔓延時に生じる遺伝的浮動の加速による影響が、PFGE では、WGS によるタイピングよりも少なかったことを示している。

結論
WGS によるタイピングは論理的に新たな参照基準になっているが、本研究では、緑膿菌に起因する局地的アウトブレイクの調査のために、PFGE を確信をもって使用できることが示された。

サマリー原文(英語)はこちら

監訳者コメント
MLST 法は比較的広域の流行株把握に適し、ローカルな流行株の特徴把握は PFGE 法が適している。

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Reproduced from the Journal of Healthcare Infection, Volume 91, © 2015 The Healthcare Infection Society, with permission from Elsevier.
Although the translation was carried out with the permission of Elsevier, the translation has not been reviewed by Elsevier prior to posting online.